Londra, XVIII secolo. Mary è costretta a travestirsi da maschio per non perdere l'eredità destinata al fratello scomparso, cresce nei panni di un ragazzo, Willy. Dapprima fa il mozzo sulle navi da guerra, poi il cadetto nelle Fiandre, infine il soldato a cavallo.
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Quando si innamora e la sorte vuole che perda l'amato compagno, Mary torna a travestirsi ancora una volta da uomo e solca i mari con i pirati... Mary Tempesta si ispira a un personaggio raccontato per la prima volta da Daniel Defoe.