La serie segue le avventure di quattro pinguini: Skipper (il leader del gruppo), Kowalski (il più intelligente), Soldato (il più giovane) e Rico (l'addetto alle armi), al Central Park Zoo di New York. I pinguini comandano l'habitat di Central Park e compiono delle missioni segrete nel cuore della città.
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Assieme a loro Julien, il re dei lemuri e i suoi sottoposti Maurice e Mortino, che sono i loro nuovi vicini e protagonisti di una mostra di lemuri nello zoo. I pinguini devono tenere tutto sotto controllo, spesso malgrado gli scherzi dei lemuri.